Seferović comenzó su carrera en 1999 en el equipo juvenil del FC Sursee y después de cinco años firmó en el verano de 2004 con Lecerne. Después de tres años en sus equipos juveniles, fue explorado por Grasshopper, y el 26 de abril de 2009 hizo su debut en la Superliga suiza contra Neuchâtel Xamax. En enero de 2010, fue nombrado Jugador Juvenil del Año en el cantón de Lucerna.

El 29 de enero de 2010, el club italiano Serie A Fiorentina firmó Seferović de Grasshopper por una tarifa de transferencia de € 2,1 millones. Un día después, La Viola anunció que el trato se había completado. El joven fue asignado al equipo Primavera de la Fiorentina. El 4 de agosto de 2011, Seferović fue cedido al equipo suizo de la Super Liga Neuchâtel Xamax.

El 27 de enero de 2012, Seferović fue cedido al club Lecce de la Serie A durante el período de transferencia de enero. Pasó la segunda mitad de la temporada 2012-13 con el Novara de la Serie B, anotando 10 goles en 18 partidos, todos como titular. Marcó un ‘hat-trick’ en la victoria por 3-1 sobre Livorno el 17 de abril cuando Novara finalmente terminó en los play-offs.

Real Sociedad

El 11 de julio de 2013, Seferović completó una movida hacia el Real La Liga española por un contrato de cuatro años por una tarifa de transferencia de € 2 millones. Hizo su debut en la Liga el 16 de agosto de 2013, y anotó con un chip contra el Getafe, asegurando una victoria en casa 2-0. Cuatro días más tarde, anotó una volea cuando la Real Sociedad venció al Lyon por 2-0 fuera de casa en la ronda de clasificación de play-off para la Liga de Campeones de la UEFA 2013-14. Jugó en 24 partidos de liga en su primera temporada, solo nueve como titular, y anotó su único gol (puedes ver gols en TV Gols)en la liga como sustituto de Carlos Vela, terminando con una victoria por 5-0 sobre el Osasuna el 2 de noviembre. El 18 de diciembre, anotó el tercer gol de la Sociedad cuando el club derrotó al Algeciras de 4º en la ronda de 32 de la Copa del Rey.

Eintracht Frankfurt

El 1 de agosto de 2014, Seferović completó una mudanza al club de la Bundesliga alemana Eintracht Frankfurt, firmando un contrato de tres años. El club dijo: “Escogimos intencionalmente a un jugador joven que ya tiene un grado relativamente alto de experiencia, pero que todavía tiene mucho margen de mejora”. Hizo su debut el 16 de agosto, anotando el primer gol en el noveno minuto cuando el Frankfurt derrotó al cuarto clasificado Viktoria Berlin por 2-0 en la primera ronda del DFB-Pokal. Una semana más tarde, hizo su debut en la Bundesliga y anotó el único gol del primer ataque del juego de Frankfurt para derrotar al SC Freiburg en el Waldstadion. En la derrota por 4-5 ante el VfB Stuttgart en Frankfurt el 25 de octubre, Seferović fue expulsado por una segunda tarjeta amarilla.

Seferović recibió una sanción de tres partidos en febrero de 2017 por golpear al Niklas Stark de Hertha BSC durante una derrota por 2-0 (puedes saber resultados en futebol resultados) en Berlín. Fue el sexto despido de la temporada de Frankfurt y también fue multado por una cantidad no revelada que fue donada a la caridad. Jugó cuatro partidos en la segunda campaña del equipo, DFB-Pokal, y anotó el gol de la victoria en Hannover 96 en los octavos de final.

Benfica

El 2 de junio de 2017, Seferović firmó un contrato de cinco años con el campeón portugués de la Primeira Liga, el Benfica. Hizo su debut para los Eagles el 5 de agosto en la Supertaça Cândido de Oliveira 2017 en el Estádio Municipal de Aveiro, comenzando junto a Jonas anotando el segundo gol de un triunfo por 3-1 sobre el Vitória SC. Cuatro días más tarde hizo su arco Primeira Liga en una victoria en casa por el mismo puntaje sobre S.C. Braga, y anotó el primer gol de la asistencia del brasileño. En octubre, fue elogiado por la leyenda del Benfica Nuno Gomes como un jugador valioso para el equipo.